1942 verließ Morihei Ueshiba Tokyo und zog auf das Land nach Iwama. Schon sieben Jahre zuvor hatte er begonnen dort Land zu kaufen. Die Leitung des Dojos in Tokyo übergab er an seinen
Sohn Kisshomaru. Auf dem Land in Iwama baute Morihei ein Wohnhaus mit Dojo und einen Schrein zu ehren der „Aiki-Götter“. Morihei widmete sich wieder verstärkt der Landwirtschaft und unterrichtete nur wenige Schüler und ein paar Jugendliche aus der näheren Umgebung.
1945 verlor Japan den Krieg und wurde von der Besatzungsmacht Amerika verwaltet. Weiterhin Kampfkünste auszuüben war von den Amerikanern verboten worden. Das Dojo in Tokyo hatte den Krieg zwar unbeschadet überstanden, musste aber ca. 30 ausgebombten Familien eine Unterkunft gewähren. So wäre hier, auch ohne das Verbot, ein Trainingsbetrieb nicht möglich gewesen. Aus diesem Grund wurde das Aikido-Hauptquartier nach Iwama verlegt. Morihei, der außer Sichtweite der Amerikaner war, konnte hier seine Kampfkunst ungestört weiterentwickeln.
In Iwama brachte er sein Aikido zur Vollendung. Somit wird Iwama auch als „Geburtsort“ des Aikido bezeichnet. Bereits 1942 wurde der Name „Aikido“ offiziell angenommen. Auf Grund der Umstände die die Nachkriegszeit in Japan mit sich brachte, gab es nur sehr wenige Schüler, die von Morihei unterrichtet wurden.
1946 begann Morihiro Saito seinen Unterricht bei Morihei. Morihiro half dem Begründer bei der Landwirtschaft und stand ihm regelmäßig als Trainingspartner zur Verfügung. Morihiro war zu beginn seines Trainings gerade 18 Jahre alt und sah einem harten Training entgegen. Morihei begann in Iwama seine Kampfkunst noch einmal grundlegend zu überarbeiten und legte dabei sehr viel Wert auf das Waffentraining, da er die Körpertechniken mit den Waffentechniken verbinden wollte. (Körper- und Waffentechniken sollen sich gegenseitig ergänzen: jap. Riai) In all diese Veränderungen waren Morihiro Saito und einige Uchi Deshi in Iwama eingebunden.
1948 erlaubten die Alliierten, dass Aikido wieder ausgeübt werden durfte. In demselben Jahr wurde auch der Aikikai gegründet deren Leitung Moriheis Sohn übernahm. Bis 1955 waren auch die letzten Familien aus dem Dojo in Tokyo wieder ausgezogen und der Trainingsbetrieb in konnte langsam wieder aufgenommen werden. So wurde das Aikido- Hauptquartier (Hombu- Dojo) wieder nach Tokyo zurück verlegt.
Morihei aber blieb in Iwama und verfeinerte weiterhin sein Aikido. In der ersten Zeit ließ er sich nur hin und wieder in Tokyo blicken um Unterricht zu geben.In den 60´ger Jahren unterrichtete er regelmäßiger am Hombu- Dojo. Ab 1956 begann er öffentliche Vorführungen zu geben und reiste durch das Land um in verschiedenen Dojos zu unterrichten.
1961 reiste Morihei auf eine Einladung hin nach Hawaii um eine Vorführung zu geben. Morihei war um Frieden in der Welt bemüht. Er sah Aikido als ein Mittel die Welt zu versöhnen. Aikidoka die eine gewisse Zeit Aikido trainieren, erkennen auch das Aikido tatsächlich zu mehr Toleranz und Nächstenliebe beitragen kann.
Am 26. April 1969 verstarb Morihei im Alter von 86 Jahren und hinterließ der Welt das Aikido. Weiter…